您在个人所得税退税时遇到有两家公司，其中一家未任职但退税钱被合并计算的问题，其处理的法律依据主要来自《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例。《中华人民共和国个人所得税法》第一条规定：“在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。”您作为居民个人，其综合所得应包括工资薪金、劳务报酬等。但如果其中一家公司您并未任职，意味着您并未从该公司取得工资薪金所得。根据《个人所得税扣缴申报管理办法（试行）》（国家税务总局公告2018年第61号）第二条，扣缴义务人应当依法办理全员全额扣缴申报。若未任职公司虚假申报您的收入，属于未按规定履行扣缴义务。您有权依据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条：“纳税人超过应纳税额缴纳的税款，税务机关发现后应当立即退还；纳税人自结算缴纳税款之日起三年内发现的，可以向税务机关要求退还多缴的税款并加算银行同期存款利息，税务机关及时查实后应当立即退还”，要求税务机关更正申报信息，退还多缴税款。因此，您有权申请更正被合并计算的不实收入部分，以获得正确的退税额。
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在处理个人所得税退税时，有两家公司，其中一家未任职但退税钱被合并计算的问题时，可能会出现以下特殊情况或例外情形，影响问题的处理：1.未任职公司已注销或失联：如果冒用您身份信息的未任职公司已经注销或无法取得联系，税务机关在核实申诉情况时可能会遇到困难，导致处理周期延长。这种情况下，您需要提供更充分的证据证明自己未在该公司任职，如那段时间在其他公司的任职证明、社保缴纳记录、银行流水等，以协助税务机关排除您取得该笔收入的可能性。2.涉及跨年度的虚假申报：如果未任职公司的虚假申报涉及多个纳税年度，根据《中华人民共和国税收征收管理法》第五十一条规定，纳税人要求退还多缴税款的期限是自结算缴纳税款之日起三年内。若超过三年，您可能无法申请退还该年度因虚假申报多缴的税款。例如，2021年的虚假申报收入，您在2025年才发现并申诉，此时已超过三年退税申请期限，税务机关可能不再受理您的退税申请。3.虚假申报收入已预缴税款且无法追回：如果未任职公司为虚假申报的收入预缴了税款（这种情况较少见，但可能存在），税务机关在删除该笔申报记录后，可能需要向该公司追征已预缴的税款。若该公司无法补缴，可能会影响税务机关对您退税申请的处理效率，甚至要求您配合调查。
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您在个人所得税退税时遇到有两家公司，其中一家未任职但退税钱被合并计算的情况，最直接的处理方式是通过个人所得税APP或向税务机关报告此情况并申请更正。以下分情况详细说明：1.如果或若存在未任职公司冒用您的身份信息进行虚假申报的情况：您应首先在个人所得税APP上对该笔非任职收入发起申诉，详细说明您未在该公司任职且未取得该笔收入的情况，并上传相关证明材料，如离职证明、劳动合同等（如有），请求税务机关予以核实并删除该笔不实申报记录。待税务机关核实处理后，您的综合所得收入将剔除该部分虚假收入，从而重新计算应纳税额和退税额。2.如果或若存在您曾经在该公司任职，目前已离职，但该公司仍在为您申报收入的情况：您需要确认该公司申报的收入是否为您离职后实际取得的。若为离职后未取得的收入，处理方式同上述冒用身份信息的情况，进行申诉；若为离职当月或正常发放的离职补偿等合理收入，则该收入属于您的综合所得，应合并计算，此时您需检查专项附加扣除等信息是否准确填写，确保已充分享受扣除优惠。
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在处理个人所得税退税时，有两家公司，其中一家未任职但退税钱被合并计算的问题时，以下是一些常见的错误操作行为需要避免：1.忽视不实申报记录，直接申请退税：如果您发现有未任职公司的收入被合并计算，却不先处理该不实申报记录，直接申请退税，会导致税务系统按照包含虚假收入的金额计算退税额，可能造成您多缴税款无法退还，或者即使暂时退税，后续税务机关核查发现问题后仍会要求您补税，甚至产生滞纳金。2.申诉时信息填写不完整或证据不足：在个人所得税APP发起申诉时，如果仅简单选择“从未任职”，而未详细说明情况或提供任何证明材料，税务机关可能因信息不足难以快速核实，导致申诉处理周期延长，影响您的退税效率。3.与未任职公司私下协商“解决”而不通过税务机关：有些纳税人可能会选择与冒用身份的公司私下沟通，要求对方“补偿”而不向税务机关报告，这种做法存在风险。该公司可能只是暂时答应，却不实际更正申报，导致您的个税信息长期错误，甚至可能被税务机关认定为隐瞒收入，产生税务风险。避免这些错误操作对于顺利解决您的退税问题至关重要。如果您不确定如何正确处理，或者在申诉过程中遇到任何疑问，建议及时向专业律师咨询，以确保您的合法权益得到有效维护。

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