部门经理扣留年终奖金是否违法，关键看是否符合劳动合同或公司规章制度的规定。以下为您分情况详细说明：
1. 若劳动合同或公司规章制度中明确规定了年终奖金的发放条件和标准，且员工已满足发放条件，部门经理无合法依据扣留年终奖金，则该行为违法。
2. 若劳动合同或公司规章制度中未明确约定年终奖金，或员工未满足约定的发放条件（如未完成年度业绩目标、存在严重违纪行为等），部门经理依据规定扣留，则不违法。
3. 若部门经理以个人理由（如与员工存在私人矛盾）扣留符合发放条件的年终奖金，未经过公司合法审批流程，则属于滥用职权，行为违法。
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部门经理扣留年终奖金的行为是否违法，需结合具体法律规定进行分析。以下引用相关法律条文为您详细解读：
根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条规定：“用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。”
同时，《中华人民共和国劳动合同法》第三十条规定：“用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。”
若劳动合同或经合法程序制定的公司规章制度明确约定了年终奖金的发放条件和标准，且员工已满足该条件，则年终奖金属于劳动报酬的一部分，部门经理扣留的行为违反《劳动合同法》第三十条；若公司规章制度未明确约定，或员工未满足发放条件，则扣留行为不违反法律规定。
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部门经理扣留年终奖金可能引发以下法律风险：
1. 公司需承担支付义务及赔偿金风险：若部门经理扣留年终奖的行为违反劳动合同或规章制度，公司需向员工支付拖欠的年终奖，同时根据《劳动合同法》第八十五条规定，若经劳动行政部门责令限期支付仍不支付，需按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向员工加付赔偿金。例如：员工年终奖为10万元，公司经责令后仍不支付，需额外支付5万至10万元赔偿金。
2. 员工申请劳动仲裁的风险：员工可能向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付年终奖，公司需投入时间、精力应对仲裁，若败诉还会影响企业声誉。
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部门经理扣留年终奖金的处理结果可能受以下特殊情况影响：
1. 公司因经营困难协商调整年终奖：若公司因疫情、行业下行等客观原因导致经营困难，已与员工集体协商一致调整或暂缓发放年终奖，且该协商结果经过职工代表大会或全体职工讨论通过，则部门经理依据协商结果扣留年终奖的行为合法，员工需遵守协商约定。
2. 员工存在严重违反公司规章制度的行为：若员工在年终奖考核周期内存在严重违反公司规章制度的行为（如严重失职、营私舞弊给公司造成重大损害），且公司规章制度明确规定此类行为可扣除年终奖，则部门经理扣留年终奖的行为合法，员工无权要求发放。
3. 劳动合同约定年终奖为“浮动奖金”且与业绩挂钩：若劳动合同约定年终奖为“浮动奖金”，且明确与个人业绩、公司效益挂钩，而员工年度业绩未达到约定标准，则部门经理可根据业绩考核结果扣留或减少年终奖，该行为不违法。

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